医療法人設立後のトラブル——理事会・社員総会・定款の落とし穴を解説

医療法人設立後に顕在化する「ガバナンスの歪み」とは

医療法人の設立手続きを都道府県の認可を経て完了させた段階で、理事長・院長の多くは「これで経営体制が整った」と考えがちです。しかし、実務で紛争化するトラブルの大半は、設立から2〜5年後、つまり理事の入れ替わりや分院展開、親族の加入といった「組織の変化」が生じた局面で噴出します。医療法人は株式会社と似て非なるガバナンス構造を持ち、医療法46条の2以下に定められた独自の機関設計が求められるため、会社法の感覚で運営すると思わぬ落とし穴にはまります。

※本稿で紹介する事例は、守秘義務に配慮し、須賀弁護士がこれまで対応してきた複数の相談内容を再構成・匿名化したものです。特定の医療機関・個人を指すものではありません。

個人事業の延長で運営してしまう典型パターン

個人開業からの法人成りの場合、理事長が「どうせ自分の医院だから」との意識で社員総会や理事会を開催せず、議事録だけを後日作成する運用が常態化しているケースが散見されます。しかし医療法46条の3の2は社員総会の招集手続を、同法46条の7は理事会の開催を明確に義務づけており、形骸化した運営は後日の無効確認訴訟や都道府県の指導対象となります。

「設立=ゴール」ではなく「設立=スタート」である

設立認可はあくまで法人格を取得する入口に過ぎません。むしろ運営段階で、親族間の相続、分院長との利益相反、退社社員からの出資払戻請求など、設立時には想定しなかった課題が次々に発生します。設立コンサルタント任せで作成した定款が、数年後に経営の足かせとなる例も少なくありません。

社員総会をめぐるトラブル——「社員1人1議決権」の落とし穴

医療法人のガバナンスで最も誤解されやすいのが、社員総会の議決権の性質です。株式会社では出資比率に応じた議決権が原則ですが、医療法46条の3の3第1項は「社員は、各一個の議決権を有する」と定めており、出資額や拠出金額に関係なく1人1票が原則とされています。

医療法46条の3の3第1項：「社員総会における社員の議決権は、各一個とする。ただし、定款をもつて議決権に関する別段の定めをすることを妨げない。」

想定ケース：親族を社員に入れた理事長の後悔

Aさん（内科クリニック理事長）は、設立時に妻・弟・従業員2名を社員として加え、計5名でスタートしました。出資のほとんどはAさんが拠出していたにもかかわらず、数年後に弟との方針対立が生じ、弟が妻と従業員1名を抱き込んで3対2の多数派を形成。理事長の解任を含む重要議案を社員総会で可決されそうになり、Aさんは窮地に立たされました。出資比率で守られる株式会社とは異なり、医療法人では「社員の頭数」が経営権を直接左右します。

社員の選任・退社ルールを定款で明確化する重要性

こうした事態を防ぐには、定款で社員の入社・退社について理事会承認を要件とする、あるいは社員資格の喪失事由を具体化しておく必要があります。モデル定款のまま運用していると、社員の恣意的増減が可能となり、派閥対立の温床になります。須賀弁護士が支援したケースでも、設立から3年経過後に定款変更を行い、社員の入社に「社員総会の特別決議（3分の2以上）」を要する旨を追加したことで、少数派による乗っ取りリスクを封じ込めた例があります。

招集通知の瑕疵と決議取消しのリスク

社員総会の招集通知は、医療法46条の3の2第2項により会日の5日前までに書面で発する必要があります。LINEや口頭での招集は通知として無効と解される余地が強く、後日「決議不存在」として争われるリスクがあります。最高裁は会社法分野ですが、招集手続の瑕疵が重大な場合には決議の無効・取消しを認める判断を一貫して示しており（最高裁昭和42年9月28日判決など）、医療法人にも同様の法理が及ぶと考えられます。

理事会運営の盲点——決議の瑕疵と理事長の独走

医療法46条の7第1項は、理事会が業務執行の決定、理事の職務執行の監督、理事長の選定・解職を行う旨を定めています。株式会社の取締役会に類似しますが、医療法人の理事会は「業務執行の決定機関」としての位置づけがより強く、理事長の暴走を制御する役割を持ちます。ところが実務では、理事会が年1回開催されるだけで、議事録は事後作成という運用が珍しくありません。

想定ケース：理事長単独で分院契約を締結した場合

Bさん（医療法人理事長）は、新規分院の賃貸借契約を理事会決議を経ずに単独で締結しました。後に他の理事から「重要な業務執行は理事会決議が必要（医療法46条の7第2項3号）」との異議が出され、契約の効力が内部で争われる事態となりました。契約相手方との関係では表見代理（民法110条）で有効となる可能性が高いものの、理事長個人は善管注意義務違反（民法644条、医療法46条の6の2）に基づく損害賠償責任を負うリスクがあります。

特別利害関係人の議決権排除

理事長自身の報酬決定や、理事長が代表を務める別会社との取引については、当該理事は「特別利害関係人」として議決に加われません（医療法46条の7第5項が準用する規律）。この点を失念し、理事長自身が自分の報酬増額に賛成票を投じた議事録を作成していたケースでは、都道府県の立入検査で指摘を受け、議事録の修正と報酬の返還を迫られた例もあります。

議事録作成義務と保存

医療法46条の7の2は理事会議事録の作成を義務づけ、出席理事および監事の署名または記名押印を要求しています。議事録は10年間の保存義務があり、紛争時には最も重要な証拠となります。「出席していないのに議事録に署名させられた」として理事が議事録の無効を主張する事例もあり、議事録管理は想像以上に慎重な対応が必要です。

定款の不備が招く紛争——雛形コピーの危険性

都道府県が公表するモデル定款をそのまま流用して設立するケースが大半ですが、モデル定款は「最低限の雛形」であり、個別事情を反映した設計がなされていないことが紛争の根本原因となります。医療法44条2項は定款の必要記載事項を列挙しており、これらを満たしていれば認可は下りますが、「満たしているだけ」の定款では経営防衛機能を果たせません。

理事長解任・社員除名規定の不備

モデル定款には理事長解任手続や社員除名の具体的要件が規定されていないことが多く、いざ対立が生じたときに「どう解任すればよいかわからない」状態に陥ります。須賀弁護士が支援した事例では、創業家出身の理事長を解任しようとした他の理事らが、定款に手続規定がないために身動きが取れず、結果として対立が長期化しました。設立時に、解任決議の要件（出席社員の3分の2以上の賛成等）、解任事由の例示、弁明機会の付与手続などを定款で明記しておくことが肝要です。

残余財産の帰属規定

平成19年4月以降に設立された医療法人は、原則として「持分なし医療法人」とされ、医療法44条5項により解散時の残余財産は国・地方公共団体・他の医療法人等に帰属させる旨を定款で定める必要があります。持分なしであることの意味を十分理解せずに設立し、「出資したお金が返ってこないのか」と後になって気づく理事長が少なくありません。

定款変更は認可事項である

医療法54条の9により、定款変更は都道府県知事の認可を受けなければ効力を生じません。社員総会で決議しただけで有効と誤解し、変更後の定款で運営を続けていた結果、変更が無効とされたケースもあります。定款変更には実務上1〜3か月を要することが多く、スケジュール管理も必要です。

出資持分あり医療法人に特有の退社・払戻トラブル

平成19年3月以前に設立された「経過措置型医療法人」（出資持分あり医療法人）では、社員の退社に伴う出資持分払戻請求が深刻な経営リスクとなっています。最高裁平成22年4月8日判決は、定款の定めに基づく出資額に応じた払戻請求権を認める判断を示しましたが、同時に、評価次第では法人の存続すら危うくする高額請求となり得ることが明確になりました。

最高裁平成22年4月8日判決（要旨）：出資社員が退社した場合、定款に「出資額に応じて払戻しを請求できる」との定めがあるときは、退社時の医療法人の純資産額に出資割合を乗じた額の払戻請求が認められる。

想定ケース：退社した兄弟からの数億円請求

Cさん（持分あり医療法人理事長）は、兄弟3名で均等出資して設立した医療法人を長年経営してきました。弟の1人が家庭事情で退社を申し出た際、純資産ベースで約3億円の持分払戻を請求され、法人のキャッシュフローでは到底支払いきれない事態となりました。この種の紛争は近年増加しており、持分なし医療法人への移行（認定医療法人制度の活用）を検討すべき局面といえます。

認定医療法人制度への移行検討

厚生労働省の認定医療法人制度（医療法施行規則30条の35の2等）を活用すれば、一定要件のもと持分放棄に伴う贈与税を非課税とすることが可能です。移行には社員全員の同意が実務上必要となるため、親族関係が良好なうちに検討することが望まれます。関係が悪化してからでは全員同意の形成が極めて困難になります。

監事・会計・都道府県への報告義務違反のリスク

医療法46条の8は監事の職務として、理事の職務執行の監査、財産状況の監査、監査報告書の作成等を定めています。しかし実務では、親族や知人を名目的に監事に据え、監査が実質的に行われていないケースが大半です。

監事の責任は決して名誉職ではない

医療法人の監事は、善管注意義務違反があれば法人に対して損害賠償責任を負います（医療法46条の6の2、民法644条）。都道府県の立入検査で架空の監査報告書が発覚した場合、監事個人も責任追及の対象となり得ます。「名前を貸しただけ」との弁解は通用しません。

事業報告書・財産目録の提出義務

医療法52条は、毎会計年度終了後3か月以内に事業報告書、財産目録、貸借対照表、損益計算書、関係事業者との取引状況報告書等を都道府県知事に提出することを義務づけています。この報告を怠ると、医療法93条の罰則（20万円以下の過料）対象となるほか、立入検査・改善命令につながります。

関係事業者取引の開示強化

平成29年の医療法改正により、理事長親族が経営する会社との取引（医療機器リース、建物賃貸借、給食委託等）は「関係事業者取引」として開示対象となりました。利益相反管理を怠ると、理事長の善管注意義務違反として追及される可能性があります。

事業承継を見据えたガバナンス設計のポイント

医療法人の多くは、設立から10〜20年を経て事業承継の局面を迎えます。地方では後継者不在が深刻化しており、須賀弁護士が支援したケースでも、理事長が高齢となり都市部から若手医師を招聘して承継する事例が増えています。

想定ケース：地方病院への若手承継者招聘

Dさん（地方の医療法人理事長・70代）は、親族内に後継者がおらず、都市部の勤務医である30代のE医師を後継候補として招聘しました。しかし、いきなり理事長交代ではE医師の負担と地域の不安が大きいため、須賀弁護士は段階的承継スキームを設計しました。具体的には、①E医師を理事として迎え1〜2年間並走、②その間に社員資格を付与、③理事長代行期間を経て正式交代、という3段階方式です。この間、定款には「理事長の選定は現理事長の推薦を要する」旨の経過規定を設け、地域医療の継続性を担保しました。

世代間の価値観調整と地域の期待

若手医師を地方に迎える際には、診療方針（オンライン診療・予約制導入等）や勤務体系をめぐり、既存スタッフ・地域住民との摩擦が生じます。ガバナンス面では、重要事項（診療科新設・設備投資）について旧理事長が一定期間拒否権を持つ「黄金株的」規定を定款に組み込むなど、承継者の裁量と旧体制の安心感のバランスを取る設計が有効です。

MS法人・関連契約の棚卸し

承継時には、関連MS法人（メディカルサービス法人）、不動産賃貸借、医療機器リースなどの契約関係も見直しが必要です。旧理事長個人名義の契約が多数残存していると、承継後にトラブル化します。承継2〜3年前からの計画的な契約整理が望まれます。

実務上のポイントまとめ

• 社員は「1人1議決権」が原則（医療法46条の3の3）。出資額に関係なく頭数で経営権が決まるため、社員構成は慎重に設計する
• 社員の入社・退社・除名ルールを定款で具体化し、派閥形成による乗っ取りを防ぐ
• 社員総会・理事会は書面による5日前招集を厳守し、議事録は出席理事・監事の署名入りで10年間保存する
• 特別利害関係人（自己の報酬決定・自己取引の相手方である理事等）は決議から排除する
• モデル定款の流用は危険。理事長解任手続・社員除名事由・残余財産帰属などを個別事情に即して設計する
• 定款変更は都道府県知事の認可事項（医療法54条の9）であり、社員総会決議だけでは効力を生じない
• 持分あり医療法人は退社時の払戻リスクが大きく、関係良好なうちに認定医療法人制度への移行を検討する
• 監事は名誉職ではなく善管注意義務を負う。実質的な監査体制を構築する
• 事業報告書等は会計年度終了後3か月以内に都道府県へ提出する（医療法52条）。関係事業者取引の開示も忘れない
• 事業承継は段階的スキームで設計し、定款の経過規定で地域医療の継続性を担保する

医療法人のガバナンスをめぐるトラブルは、顕在化した時点ではすでに関係者の感情対立が深刻化しており、法的対応だけでは解決が難しい局面も少なくありません。設立時・増員時・承継時といった節目で、定款と運営実態の両面から予防的な見直しを行うことが、紛争を未然に防ぐ最善の方策です。医療法人のガバナンス設計、定款変更、社員・理事間の紛争対応、事業承継スキームの構築等でお悩みの医療機関・理事長の方は、医療法務に特化した専門家集団であるMedi Lex（medi-lex.com）までご相談ください。須賀弁護士をはじめとする医療専門弁護士チームが、医療現場の実情に即した実務的な解決策をご提案いたします。